Với hệ thống kho hơn 5.000 m²  (tọa lạc tại vị trí thuận lợi), Cảng Bình Dương cam kết cung cấp đầy đủ các chức năng cho hệ thống kho hàng nhập/xuất.

Hiện nay kho CFS - Phước Long là 1 trong những kho dẫn đầu về dịch vụ hàng lẻ tại cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 4 và khu vực Đông Bắc TP.HCM.

Bên cạnh đó cảng Bình Dương còn có hệ thống kho nội địa (diện tích 1.500 m²) phù hợp cho việc lưu trữ, phân phối hàng hóa, nguyên vật liệu sản xuất tại TP.HCM, Hà Nội, Đà Nẵng, Cần Thơ, Bình Dương, Đồng Nai.